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BAM fichiers sont des formats binaires des lecteurs du séquenceur. Ils stockent les données scientifiques nucléotides dans un format compressé , mélangeant les deux alignés et non alignés se lit ensemble. Ils sont commandés avec l'outil " bam2fastq " , une commande de l'ordinateur qui est installé avec de nombreux programmes de nucléotides de séquençage ( vous pouvez également l'obtenir gratuitement . ) Pour extraire les non aligné lit d'un BAM fichier, puis , tout ce que vous avez besoin est Windows la ligne de commande . Instructions
1 type " bam2fastq " dans la barre de recherche du menu Démarrer pour vous assurer d'avoir l'outil ( vous n'avez pas besoin de l'ouvrir. ) Si vous ne le faites pas , l'obtenir gratuitement dans les ressources .
2 Tapez " cmd.exe " dans la barre de recherche du menu Démarrer. Cliquez sur " cmd.exe " quand il apparaît ci-dessus. Cela ouvre la ligne de commande Windows
3 Type de . " Bam2fastq - non aligné FILELOCATION.bam " (sans les guillemets ) dans la fenêtre de commande
4 Remplacer. " FileLocation " avec l'emplacement du fichier BAM . Utilisez le format C: . . \\ Folder1 \\ Dossier2 \\ File.bam "
5 Hit " Enter " Cela fera apparaître une fenêtre de texte avec le non aligné lit à partir de ce fichier particulier BAM < . br>
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