Les virus, les viroïdes et les prions ne s'intègrent pas parfaitement dans le système à trois domaines (bactéries, archées, eucarya). Le système à trois domaines est une classification des formes de vie *cellulaires*. Les virus, viroïdes et prions sont acellulaires; ils n'ont pas la structure cellulaire et la machinerie nécessaires à une vie indépendante.
* Virus : Ceux-ci sont considérés par beaucoup comme des entités non vivantes, existant quelque part entre le vivant et le non vivant. Ce sont des parasites intracellulaires obligatoires, ce qui signifie qu’ils ont besoin d’une cellule hôte pour se répliquer. Bien qu’ils possèdent du matériel génétique (ADN ou ARN), ils ne possèdent pas leurs propres ribosomes ni machinerie métabolique. Ils ne sont donc pas inclus dans le système à trois domaines.
* Viroides : Ceux-ci sont encore plus simples que les virus, constitués uniquement d’une courte molécule d’ARN circulaire sans enveloppe protéique. Comme les virus, ils sont des parasites obligatoires et ne rentrent pas dans le système à trois domaines.
* Prions : Ce sont des protéines infectieuses. Ce sont des protéines mal repliées qui peuvent induire un mauvais repliement d’autres protéines, conduisant à des maladies. Ils sont totalement dépourvus d’acides nucléiques et ne sont pas non plus considérés comme faisant partie du système à trois domaines. Ce sont simplement des protéines aberrantes.
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